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3 대 3에서는 Mann-Whitney로 p < 0.05가 나올 수 없고, t-검정은 표준편차 두 배 차이도 절반 넘게 놓칩니다. limma는 보정 통과 목록을 두 배로 늘리지만 거짓 비율을 낮추지는 않습니다. 정답을 아는 가상 실험과 논문 네 편으로 정리했습니다.
CPTAC 신장암 종양 110개로 WGCNA 표준 흐름을 돌리고 다른 코호트에서 다시 확인했습니다. 모듈은 진짜였지만, 등급과 유의한 모듈 7개 중 같은 크기 무작위 묶음을 넘은 것은 2개였고 가장 센 모듈은 혈관 함량이었습니다.
2025년 12월 19일 첫 커밋부터 2026년 3월까지, 웹 기반 오믹스 분석 플랫폼을 혼자 만들며 남긴 커밋 312개를 다시 읽었다. 시간이 어디에 들어갔는지, 다시 한다면 무엇을 다르게 할지 정리했다.
BioAI Market에서 Ollama(qwen3:30b)에게 DE 분석 결과와 논문 초록을 설명하게 했을 때 생긴 문제를 커밋 기록으로 되짚었다. 원인 상당수는 모델이 아니라 내가 넘긴 입력이었다. 결국 숫자는 템플릿이 찍게 바꿨고, 그 템플릿에도 한계가 있었다.
BioAI Market의 바이오마커·질병 시맨틱 검색을 nomic-embed-text와 pgvector로 만든 과정. 저장소를 다시 읽으며 찾은 실수(빠진 쿼리 접두어, 호출마다 다른 임계값, random()으로 채운 점수 칸)까지 적었다.
Porcine 식도 EEM과 Mouse Matrigel을 비교하는 cross-species 프로테오믹스 분석 — Park et al. 2026 방법론을 재현하던 중 v1 시뮬레이션의 순환 논리, v2의 pseudocount artifact, BioMart 1:1 ortholog 검증 단계까지의 실제 워크플로 기록. PRIDE PXD023694 실데이터로 독립 검증한 결과까지.
프로테오믹스를 처음 시작하는 연구자와 실무자를 위한 LC-MS/MS 워크플로 완전 가이드. 샘플 준비(FASP/S-Trap), LC 그라디언트, DDA vs DIA, TMT vs LFQ 정량 비교, MaxQuant/FragPipe/DIA-NN 파이프라인 선택, 통계 분석 함정까지 2026년 표준 워크플로 정리.
DoRothEA, viper, SCENIC, ChEA3로 TF 활성을 추론하고, PPI/Pathway/TF 결과를 통합해 바이오마커 후보를 발굴하는 실전 워크플로.
clusterProfiler, topGO, fgsea, MSigDB로 GO와 Pathway Enrichment를 수행하는 실전 워크플로. ORA vs GSEA 선택 기준과 background 함정.
STRING부터 Cytoscape, R igraph까지 — DEG 리스트를 받았을 때 가장 먼저 그려야 할 것. centrality 지표 비교와 흔한 함정.
논문 투고용 Figure를 R과 Python으로 만들면서 겪은 시행착오. 저널 요구사항 맞추기, DPI, 폰트, 색상 선택까지 실전 팁을 정리합니다.
BioAI Market — 웹 기반 프로테오믹스 분석 플랫폼의 기술적 구현기. QC부터 DE, Pathway 분석까지 파이프라인 설계, ANOVA 벡터화, limma 통합, 멀티그룹 UI 구현 경험을 공유한다.
바이오인포매틱스 분야에서 실제로 취업하고 일하면서 느낀, 진짜 필요한 스킬과 과대평가된 스킬을 솔직하게 정리합니다.
RNA-seq 분석을 R로 처음 시도하면서 겪었던 시행착오와 삽질의 기록. FASTQ부터 DESeq2까지, 아무도 안 알려주는 실전 팁을 정리했습니다.